În pictura acestei mănăstiri rămâne ca taină folosirea culorii galben numit şi „galben de Coşula”.
Atât în interior cât şi în exterior Mănăstirea a fost decorată iniţial cu cărămizi aparente, aşa cum se obişnuia în timpul lui Petru Rareş.
Mai întâi trebuie spus că Mănăstirea Coșula a fost singura din județul Botoșani pictată și în exterior.
Atât pictura interioară, cât și cea exterioară a fost realizată în frescă. Din cauza intemperiilor, pictura exterioară nu se mai păstrează, cu excepția unei părți din scena Judecății de apoi. situată pe fațada vestică a mănăstirii. Modificări importante au avut loc și la pictura interioară, întrucât peste cea originală s-au aplicat încă două straturi de pictură în ulei.
Specialiștii în restaurarea picturii au descoperit la sfârșitul secolukui trecut fragmente din pictura originală, îndepărtând cu atenție în mai multe locuri cele două straturi în ulei, realizate în secolul al XIX-lea.
Părerea specialiștilor de atunci, că fresca inițială s-ar păstra în întregime, a trezit interesul și altor specialiști, devenind o certitudine.
Valoarea istorică a picturii inițiale este dublată de valoarea excepțională din punct de vedere artistic.
Restauratorii vorbesc de „galbenul de Coşula”, poate la fel de important precum „albastrul de Voroneț” sau „roșul de Moldovița”.
Pentru restaurarea componentelor artistice, s-a executat un proiect de conservare-restaurare a picturilor murale interioare și exterioare.
Pictura murală în frescă, atât de bine conservată de cele două straturi (ce au fost îndepărtate) este astăzi repusă în valoare și deși au trecut aproape 500 de ani, expresivitatea sfinților și a scenelor biblice este foarte viu evidențiată.
Pe pereţii bisericii se mai pot citi și numele unor călugări.